Hi, nachdems im Twitch Stream mal auf gekommen ist und scheinbar unbekannt war.
Factorio kann mit Argumenten gestartet werden, z.B. kann damit der Ordner der Mods geändert werden.
Unter Linux erschien mir das ganz natürlich. 
Siehe mögliche Argumente im Factorio Wiki Command Line Parameters
Per default, sollten die Mods in %appdata%\Roaming\Factorio\mods zu finden sein.
Man kann aber eben auch eine Verknüpfung (bzw. mehrere Verknüpfungen) der factorio.exe anlegen und dieser Argumente übergeben mit deren Hilfe der PFad zum Mod-Ordner geändert wird.
Ob man mehrere Instanzen von Factorio z.B. in Steam mit verschiedenen Startparametern anlegen kann weiß ich nicht.
Unter Windows hab ichs einfach mit Hilfe von Verknüpfungen gemacht, hier nur zu beachten, wenn die Steam Version verwendet wird, fragt Steam nochmal ob Factorio mit den Parametern wirklich so gestartet werden soll und das Fenster erscheint eigentlich NIE im Vordergrund.
Unter Linux kann die Binary einfach mit den Argumenten gestartet werden. Alternativ musst du schauen, wie es bei deinem Desktop-Manager mit Links/Verknüpfungen und deren args aussieht.
Unter Windows, sieht das Ziel der Verknüpfung zum Beispiel wie folgt aus.
Factorio ist im nachfolgenden Beispiel via Steam unter C:\Steam\.... installiert.
Die Mod-Ordner (kann initial auch einfach ein leerer Ordner sein) liegt unter D:\factorio_mods\...
Eine Verknüpfung kann dann z.B. wie folgt aussehen:C:\Steam\steamapps\common\Factorio\bin\x64\factorio.exe --mod-directory D:\factorio_mods\modpack_seablock
Eine weitere Verknüpfung z.B. so...C:\Steam\steamapps\common\Factorio\bin\x64\factorio.exe --mod-directory D:\factorio_mods\modpack_vanilla
etc.
Hoffe ich konnte damit jemand helfen.
